; parse-gtf  -v 2 -i $RSAT/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34.gtf -fasta $RSAT/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34.dna.toplevel.fa -fasta_rm $RSAT/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34.dna_rm.genome.fa -fasta_pep $RSAT/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34.pep.all.fa -org_name Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34 -task all -taxid 403677 -gtf_source ensemblgenomes -o $RSAT/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome
; Program version       	1.48
; Input files
;	fasta_rm     	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34.dna_rm.genome.fa
;	gtf          	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34.gtf
;	fasta_pep    	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34.pep.all.fa
;	fasta        	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34.dna.toplevel.fa
; Output files
;	fasta_pep_lengths	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34.pep.all_lengths.tab
;	cds          	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/cds.tab
;	gene_start_gtf	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34_gene_start.gtf
;	peptidic_sequences	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/peptidic_sequences.fasta
;	start_codon  	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/start_codon.tab
;	transcript   	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/transcript.tab
;	fasta_rm_lengths	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34.dna_rm.genome_lengths.tab
;	stop_codon_gtf	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34_stop_codon.gtf
;	log          	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/log.txt
;	contig_rm    	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/contig_rm.tab
;	tss_gtf      	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34_tss.gtf
;	tts_gtf      	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34_tts.gtf
;	gene         	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/gene.tab
;	fasta_lengths	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34.dna.toplevel_lengths.tab
;	transcript_gtf	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34_transcript.gtf
;	exon_gtf     	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34_exon.gtf
;	gene_end_gtf 	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34_gene_end.gtf
;	organism     	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/organism.tab
;	three_prime_utr_gtf	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34_three_prime_utr.gtf
;	exon         	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/exon.tab
;	start_codon_gtf	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34_start_codon.gtf
;	stop_codon   	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/stop_codon.tab
;	contig       	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/contig.tab
;	gene_gtf     	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34_gene.gtf
;	contigs_txt_rm	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/contigs_rm.txt
;	five_prime_utr_gtf	/export/home1/rsat/rsat/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34_five_prime_utr.gtf
;	contigs_txt  	/export/home1/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Phytophthora_infestans.ASM14294v1.34/genome/contigs.txt
; Parsed rows per feature type
;	cds          	49146
;	exon         	57447
;	five_prime_utr	4030
;	gene         	25636
;	start_codon  	17724
;	stop_codon   	47
;	three_prime_utr	17653
;	transcript   	25638
; Parsed rows per contig
;	Contig       	Total	cds	exon	five_prime_utr	gene	start	stop	three_prime_utr	transcript
;	supercont1.1 	12400	3220	3755	261	1545	1035	0	1039	1545
;	supercont1.10	6852	1799	2073	130	843	581	1	582	843
;	supercont1.100	73	23	24	0	7	6	0	6	7
;	supercont1.1009	10	3	3	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.101	218	24	65	3	52	11	0	11	52
;	supercont1.1010	18	0	6	0	6	0	0	0	6
;	supercont1.1011	7	1	1	1	1	1	0	1	1
;	supercont1.1016	11	3	3	1	1	1	0	1	1
;	supercont1.102	307	85	87	3	34	32	0	32	34
;	supercont1.1020	16	6	6	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.1021	15	3	3	1	2	2	0	2	2
;	supercont1.1022	16	3	3	2	2	2	0	2	2
;	supercont1.1026	21	5	5	0	3	3	0	2	3
;	supercont1.103	229	55	61	5	30	24	0	24	30
;	supercont1.1036	12	4	4	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.104	147	20	39	6	30	11	0	11	30
;	supercont1.1043	10	3	3	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.1046	15	3	3	1	2	2	0	2	2
;	supercont1.105	326	88	94	6	37	32	0	32	37
;	supercont1.1050	6	0	2	0	2	0	0	0	2
;	supercont1.1054	8	2	2	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.106	251	65	71	6	29	25	0	26	29
;	supercont1.1064	8	2	2	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.107	252	52	75	3	42	19	0	19	42
;	supercont1.1075	10	3	3	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.108	8	2	2	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.109	59	14	14	3	7	7	0	7	7
;	supercont1.1090	6	0	2	0	2	0	0	0	2
;	supercont1.1094	10	3	3	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.1095	18	5	5	0	2	2	0	2	2
;	supercont1.1098	15	0	5	0	5	0	0	0	5
;	supercont1.11	2900	710	787	48	376	303	0	300	376
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;	supercont1.1104	5	1	1	0	1	0	1	0	1
;	supercont1.1105	16	4	4	0	2	2	0	2	2
;	supercont1.111	144	42	42	0	15	15	0	15	15
;	supercont1.1110	13	2	4	3	1	1	0	1	1
;	supercont1.1115	12	0	4	0	4	0	0	0	4
;	supercont1.112	42	11	11	0	5	5	0	5	5
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;	supercont1.1128	11	3	3	1	1	1	0	1	1
;	supercont1.1129	3	0	1	0	1	0	0	0	1
;	supercont1.113	45	8	12	1	8	4	0	4	8
;	supercont1.1136	6	0	2	0	2	0	0	0	2
;	supercont1.114	59	11	15	1	10	6	0	6	10
;	supercont1.1149	3	0	1	0	1	0	0	0	1
;	supercont1.115	168	45	45	6	18	18	0	18	18
;	supercont1.1151	10	1	3	0	2	1	0	1	2
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;	supercont1.1161	7	1	1	1	1	1	0	1	1
;	supercont1.1168	21	6	6	1	2	2	0	2	2
;	supercont1.117	155	33	45	1	25	13	0	13	25
;	supercont1.118	119	31	36	2	15	10	0	10	15
;	supercont1.119	21	0	7	0	7	0	0	0	7
;	supercont1.1192	10	3	3	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.1194	3	0	1	0	1	0	0	0	1
;	supercont1.12	4062	1048	1164	99	491	384	0	385	491
;	supercont1.120	81	22	23	2	9	8	0	8	9
;	supercont1.1204	9	2	2	1	1	1	0	1	1
;	supercont1.121	99	30	32	1	10	8	0	8	10
;	supercont1.1212	5	1	1	0	1	1	0	0	1
;	supercont1.122	47	11	11	1	6	6	0	6	6
;	supercont1.1229	10	3	3	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.123	109	30	33	0	13	10	0	10	13
;	supercont1.1238	16	6	6	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.124	212	60	61	1	23	22	0	22	23
;	supercont1.1240	6	0	2	0	2	0	0	0	2
;	supercont1.1246	6	1	1	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.125	80	16	17	1	12	11	0	11	12
;	supercont1.1251	8	2	2	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.1254	15	6	6	0	1	1	0	0	1
;	supercont1.126	138	40	42	4	13	13	0	13	13
;	supercont1.1262	3	0	1	0	1	0	0	0	1
;	supercont1.127	146	23	43	2	29	10	0	10	29
;	supercont1.1271	3	0	1	0	1	0	0	0	1
;	supercont1.1274	10	3	3	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.1275	16	4	4	0	2	2	0	2	2
;	supercont1.1279	11	4	4	0	1	1	0	0	1
;	supercont1.128	52	14	14	0	6	6	0	6	6
;	supercont1.1283	19	5	5	1	2	2	0	2	2
;	supercont1.1289	12	2	3	1	2	1	0	1	2
;	supercont1.129	127	34	36	2	15	13	0	12	15
;	supercont1.1299	3	0	1	0	1	0	0	0	1
;	supercont1.13	4082	950	1202	60	594	342	0	340	594
;	supercont1.130	141	35	41	2	19	13	0	12	19
;	supercont1.1300	16	4	4	0	2	2	0	2	2
;	supercont1.1306	6	1	1	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.1308	6	1	1	0	1	1	0	1	1
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;	supercont1.131	342	109	110	6	30	29	0	28	30
;	supercont1.1314	10	3	3	0	1	1	0	1	1
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;	supercont1.133	301	4	99	0	97	2	0	2	97
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;	supercont1.1370	9	1	2	0	2	1	0	1	2
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;	supercont1.14	2593	689	719	58	294	271	1	267	294
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;	supercont1.153	115	34	34	3	11	11	0	11	11
;	supercont1.1532	33	10	10	1	3	3	0	3	3
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;	supercont1.158	34	9	9	0	4	4	0	4	4
;	supercont1.1585	6	0	2	0	2	0	0	0	2
;	supercont1.159	76	19	25	0	11	5	0	5	11
;	supercont1.1592	3	0	1	0	1	0	0	0	1
;	supercont1.1593	8	2	2	0	1	1	0	1	1
;	supercont1.16	3144	850	872	66	349	330	0	328	349
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